Το Διοικητικό Συμβούλιο είναι επταμελές και ορίζεται με απόφαση του Υπουργού Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων. Η θητεία των μελών του είναι τριετής. Το Δ.Σ. είναι όργανο χάραξης πολιτικής του Ιδρύματος και εγκρίνει μετά από εισήγηση της Διευθύνουσας Συμβούλου το κοινωνικό, επιστημονικό, ερευνητικό και αναπτυξιακό του πρόγραμμα, την πολιτική του καθώς και τον ετήσιο προϋπολογισμό και απολογισμό του Ιδρύματος. Επίσης μπορεί να ελέγχει απολογιστικά τις πράξεις κάθε οργάνου του Ιδρύματος.